从上学期间到药企工作，液相检测有机相几乎都是甲醇或乙腈。
化学性质和极性：甲醇结构式中含有羟基，是极性的可电离质子酸；乙腈含有氰基 （ C≡N），是极性的不可电离非质子酸。因此，甲醇适用于中等极性的分析物，而乙腈更适用于极性物质，乙腈的洗脱能力比甲醇强，乙腈作为有机相的出峰时间比甲醇早。
乙腈具有光敏性，在光照条件下发生聚合，可能会产生絮状聚合沉淀物，堵塞液相，需要用棕色的流动相瓶装，甲醇则不需要。
溶解度。甲醇对极性和非极性物质都有较好的溶解度，而乙腈对非极性物质的溶解度更好。
毒性。乙腈比甲醇毒，明显感受到乙腈碰到手上凉凉的，辣辣的。
经济成本。乙腈比甲醇贵，以前导师会为了成本让我们尽量使用甲醇。
检测波长。乙腈的紫外截止波长较低（约190nm），而甲醇的截止波长较高（约210nm），这意味着使用乙腈时可以在190nm的低波长下进行检测，但使用甲醇作为有机溶剂，可能无法使用低于210nm的波长，因为此时会产生很多基线噪音。
柱压。乙腈的粘度比甲醇小，因此乙腈柱压比甲醇小，可以延长色谱柱的使用寿命。
甲醇与水混合会放热，有助于脱出气泡；乙腈与水会吸热，随着回温会产生气泡，需要超声脱气。